Dalam rangka meningkatkan kualitas lembaga dan mutu civitas akademik, serta memberikan kontribusi perbaikan kepada ummat, MAIS mengadakan beragam kerja sama dengan berbagai lembaga, elemen, dan institusi dalam beberapa bidang, di antaranya:
1. Bidang Pendidikan
PULDAPII
MAIS telah tergabung dalam Perkumpulan Lembaga Dakwah dan Pendidikan Indonesia (PULDAPII), yaitu perkumpulan berskala nasional yang beranggotakan lebih dari 100 lembaga dakwah dan pendidikan islam di indonesia, PULDAPII bergerak dalam bidang pendidikan, dakwah, sosial, ekonomi dan hukum.
Di antara program PULDAPII adalah mengadakan training, seminar, dan penelitian dalam bidang pendidikan, dakwah dan ekonomi. PULDAPII juga melakukan aksi dalam bidang sosial seperti khitanan masal, bantuan korban bencana, peduli kemanusiaan Rohingnya, dan beragam program lainnya.
PULDAPII memiliki beberapa unit kegiatan seperti PULDAPII TV, PULDAPII Travel Haji & Umroh, dan badan usaha ekonomi.
2. Bidang Dakwah
DSB
MAIS tergabung dalam forum Dakwah Sunnah Barlingmascakeb (DSB), sebuah forum komunikasi antar lembaga dakwah dan pendidikan islam berskala regional di wilayah Barlingmascakeb (Banjarnegara, Purbalingga, Banyumas, Cilacap, dan Kebumen).
DSB menjadi wadah silaturrahmi, komunikasi, dan koordinasi kegiatan dakwah dan pendidikan islam di wilayah Barlingmascakeb, memiliki beragam agenda kegiatan di antara pendataan kajian-kajian islami, penyusunan buku khutbah jum’at, diskusi kurikulum pesantren, dan lain sebagainya.
Cilacap Mengaji
MAIS berperan aktif dalam meramaikan dakwah islami di kota Cilacap dan sekitarnya, di antaranya bekerja sama dengan forum Cilacap Mengaji, forum yang aktif dalam menyelenggarakan beragam kajian islami dan tabligh akbar di wilayah Cilacap, dengan mengundang berbagai nasarumber Asatidz yang berkompeten dalam dakwah islam.
Pengiriman Alumni Khidmah
Sejak berdiri hingga sekarang, MAIS telah berkiprah dalam dunia dakwah dan pendidikan, dalam bentuk kerja sama dengan berbagai lembaga dakwah dan pendidikan islam seperti yayasan islam, pesantren, sekolah islam dan masjid di berbagai penjuru dan pelosok nusantara, dalam bentuk mengirimkan para alumninya untuk berkhidmah selama satu tahun di lembaga tersebut.
Dakwah via Siaran TV Parabola
Dengan adanya kemajuan teknologi informasi dan komunikasi, MAIS turut serta memanfaatkan teknologi ini sebagai sarana dakwah melalui media televisi. Dua stasiun TV parabola yang bekerja sama bersama kami yaitu Puldapii TV dan Niaga TV.
3. Bidang Kesehatan
RSI Fatimah Cilacap
Dalam bidang kesehatan, MAIS telah bekerjasama dengan RSI Fatimah Cilacap, dalam bentuk mengirimkan alumni khidmah sebagai petugas bimbingan rohani, pengiriman Asatidz untuk pemateri kajian dan khutbah jum’at, serta pengantaran pasien cuci darah oleh Ambulance MAIS. Sedangkan pihak RSI Fatimah mensupport MAIS dalam hal penyuluhan kesehatan, serta membantu para asatidz, karyawan dan mahasiswa MAIS dalam hal bantuan biaya kesehatan.